Если что-то пропустили, можно дособирать переигрыванием глав.

Мало того что можно дожить через выбор глав, можно сделать проще особенно в главах где надо проходить тихо на трофеи. Бысто пробежать и взять книжку не парясь о тревоге. И сразу загрузить чекпоинт. Книжка уже засчитана а тревога нет. Лично я так сделал все книжки за первое прохождение и все стелс уровни без выбора глав.

Видео гайд :https://www.youtube.com/watch?v=eA5raGpUAus

Глючный трофей, прошел игру 2 раза! В дневнике открыты все 43 заметки, а в достижениях висит 90%
Выбил!!!, сделал вот так:
1. Отключил приставку от сети.
2. Удалил сейв игры с консоли (Меню управление игрой - сохранения)
3. Начал новую игру, и собрал 5 заметок.
4. Закрыл игру и вернул интернет.
5. Запустил игру и получи трофей.
Предпологаю, данная процедура прокатит во всех играх с глючными трофеями.

https://www.youtube.com/watch?v=fNwPIzbj-0Y

Вот видеогид на русском языке.

Видео с местонахождением всех дневников в игре.

Хорошая видео подсказка, по нахождению предметов.
Расположение

Спасибо Gonchezavr. Но я сделал так. Выключил интернет поиграл минут пять в ПЕПЕЛИЩЕ включил интернет и получил достижение.