Сундуки в игре не особо хорошо спрятаны, но если не можете найти, видео по поиску:
Bogano
Kashyyk
Dathomir
Zeffo
Ilum

Так же если вы не можете найти пропущенный где-то сундук или секрет, то у каждой локации есть счетчик в левом нижнем углу, и по нему можно понять в какой локации стоит искать тщательнее.

После прохождения сюжета , в гробницу Миктрулла вернуться можно.
Этот лифт ведет к ней.
.

У меня трофей заглючил, на Илуме открыл ящик в Имперкой траншее, счетчик на карте показывает что открыто 0/1, ящик стоит открытый.

UPD. После сбора всех остальных сундуков трофей не дали, так что придется проходить сначала или ждать патча

Погуглил форумы - иногда BD-1 ломается и не открывает карту, если в это время подобрать сундук или тайник - они на этой самой карте не засчитываются. Как вариант - имеет смысл перед открытием сундуков проверять работает ли карта.

Дополнение к подсказке на Илуме, для меня это был тоже последний контейнер и я думал что у меня также забаговало, но как оказалось там был немного скрытый путь в котором был последний (и единственный) контейнер на этой локации
Поэтому если вы также всё собрали но не хватает одного единственного контейнера в императорской траншее, то просто обратите на стену справа. Прыгаем на стену и ползём влево, там будет два противника, контейнер и информация для базы данных.

Видеогайды по сбору:
Богано;
Зеффо;
Кашиик;
Датомир.

Ещё Илум.

Два текстовых гида по сбору всех собирашек на планетах Богано, Зеффо и Кашиик, Датомир, Илум.

В гробнице миктрулла где ящик спрятан за ветками и нужно с моста выше кидать дампу. Лампы можно закинуть с основного зала через верхний проход с мостом.