Трофей можно пропустить если не потрещать с мадмуазелью в кресле, а сразу отключить её от системы жизнеобеспечения и забрать ковчег, я так и сделал, пришлось переигрывать.

Для получения трофея достаточно поговорить с Сарой Линдуолл. Убивать её не нужно. В Патосе-2 итак всех перебили. Пусть Сара живет. Ковчег Саймону доступен в любом случае.