Глючные трофеи есть.
"Following Orders / Следуя приказам",
"The Collector / Сборщик" и
"Mother knows best / Мама знает лучше".
Возможно, это связано с тем, что часть игры может быть пройдена без патчей. В таком случае профиль игрока сохраняется в двух разных файлах.

Способ избежать ещё одного прохождения такой:
1. В игре 8 слотов, что соответствует количеству оффлайн глав. Во время прохождения делаете ручной сейв перед концом каждой миссии (плюс это поможет спокойно поискать собирательные предметы). Сохранение в 6 главе делайте до того, как зайдёте в комнату, в которой спит Кесслер, иначе дверь сзади закроется и выйти в локацию будет невозможно.
2. Откидываете сохранения в облако или на флешку.
3. Удаляете оба файла с профилем. Само-собой, сохранения игры удалять не надо.
4. По порядку загружаете каждое сохранение и заканчиваете уровень. Трофей выпадет во время тиров.
P.S. Возможно, придётся перепройти "двойку". В моём случае - не понадобилось.