Всего в игре 40 Бусинов, собрать последние можно только, если делать концовку - Очищение.
Кроме того, некоторые мини-боссы, которые будут в начале игры, исчезнут (по ходу сюжета) - переломный момент = убийства Главных Боссов - Обезьяны-стража и Падшой монахини (призрак)
Так что, лучше всего, сразу убивать при первой встрече всех мини-боссов
Если кого-либо пропустили, можно дособирать в Новой игре+

Подробный видеогайд на русском.

В игре 40 бусинок, в нг+ можно дособирать пропущенные. Но на месте уже ранее взятых бусинок будут другие предметы. 2 последние бусинки доступны только при концовке "очищение".
Видео

Одна бусина появляется на месте где вы впервые встречаете Филина.

Дошел до финала когда все горит и долго не мог найти одну бусину по текстовым гайдам хотя везде прошелся, так вот она оказалась в продаже у бессмертного как и призрачный кунаи.

В обновленном поместье Хирата 2 бусины, главное выполнить правильную последовательность действий для концовки "Очищение".

Текстовый гайд.

В видеогайде указаны не все бусины, а именно 3 штуки. Активируются только после убийства дракона
1 - моб с красными глазами, под комнатой старика Иссина, в замке.
2 - Резервуар Асина, семеро копьеносцев
3 - Окраины Асина, идол - лестница смерти, у ворот сидит жирный дзюдзо- обжора

Всего в Sekiro Shadows Die Twice 40 чёток, которые улучшают здоровья и концентрацию. За сбор их всех получаем трофей Peak Physical Strength / На пике формы.

Многие из них получить только в том случае, если при втором посещении замка Асина остаться верным Куро и сразиться с Филином. После этого появится возможность посетить локацию Дворец первоисточника.

После нахождения четырёх четок, можно улучшить здоровье и концентрацию около идола.

#1 - Окраины Асина - Дорога в замок
#2 - Окраины Асина - Лестница смерти
#3 - Окраины Асина - Лестница смерти
#4 - Окраины Асина - Ворота замка Асина
#5 - Окраины Асина - Ворота замка Асина
#6 - Поместье Хирата - Путь к поместью
#7 - Поместье Хирата - Главный зал Хирата
#8 - Поместье Хирата - Зал приёмов Хирата
#9 - Замок Асина - Замок Асина
#10 - Замок Асина - Резервуар Асина
#11 - Замок Асина - Резервуар Асина
#12 - Замок Асина - Замок Асина
#13 - Замок Асина - Верхняя башня - комната
#14 - Замок Асина - Верхняя башня - додзё Асина
#15 - Замок Асина - Святилище великого змея
#16 - Храм Сэмпо, гора Конго - Сюгэндо
#17 - Храм Сэмпо, гора Конго - Храмовый двор
#18 - Опустившаяся долина - Опустившаяся долина
#19 - Опустившаяся долина - Крепость
#20 - Опустившаяся долина - Крепость
#21 - Глубины Асина - Ядовитый пруд
#22 - Глубины Асина - Ядовитый пруд
#23+#24 - Глубины Асина - Ядовитый пруд
#25 - Глубины Асина - Тайный лес
#26 - Глубины Асина - Водяная мельница
#27 - Глубины Асина - Водяная мельница
#28 - Храм Сэмпо, гора Конго - Храмовый двор
#29 - Глубины Асина - Деревня Мибу
#30 - Замок Асина - Верхняя башня - комната
#31 - Замок Асина - Верхняя башня - додзё Асина
#32 - Замок Асина - Старая могила
#33 - Поместье Хирата
#34 - Поместье Хирата - Главный зал Хирата
#35 - Дворец первоисточника - Место для любования цветами
#36 - Дворец первоисточника - Большая сакура
#37 - Дворец первоисточника - Большая сакура
#38 - Замок Асина - Резервуар Асина
#39 - Замок Асина - Верхняя башня - додзё Асина
#40 - Окраины Асина - Лестница смерти

Видеогайд.

после прохождения у меня не оказалось 2х бусин, одну из них нашел в локации деревня на заброшеной мельнице, прям перед призраком монахини. А вот вторую бы никогда б не нашел если бы не вычитал в инете. В самом конце игры, когда мастер Куро сбегает из башни, не торопитесь идти за ним. Сначала сходите в ту башню, где сидел дед Ассин, но через крытый коридор, а не по крышам. Вот там-то и будет тот самый мини-босс с красными глазами, с которого и падает последняя бусина.