На самом деле трофей не такой сложный каким может показаться с самого начала.
Надо пройти всю игру в глубоком стелсе, выполняя все побочные миссии и убивая только в том случае, если этого требует второстепенное задание миссии. Исключением являются всего 3 миссии, в которых можно убивать всех подряд, главное уложиться в установленное время, чтобы получить золотую награду.
Если вы проходите всё как положено, то по прохождении участка игры получаете награду "Тень: Золото". Если же награда вылетает другая то можете попробовать сразу загрузиться с последнего чекпоинта. В некоторых местах такое не сработает, так что надо будет начинать миссию с самого начала.
Плейлист.

Сверяйте свои данные, что бы понять почему нет трофея
Максимальный счет и мин.время в воспоминаниях
| Обычная | Игра +
1 | 1300 | 2300
2 | 1520 | 2740
3 | 1720 | 2940
4 | 1600 | 2600
5 | 04:20 | 04:20
6 | 980 | 1660
7 | 1200 | 2000
8 | 1040 | 1780
9 | 2000 | 3300
10 | 04:15 | 04:15
11 | 1820 | 3140
12 | 06:10 | 06:10

В режиме прохождения "Игра +" (и выше) чек-поинтов будет меньше, и при перезапуске с контрольной точки Вы рискуете перенестись не в то место, откуда стартовали бы на обычной сложности.
Так что не трогайте новые режимы игры - спокойно берите трофей на начальной сложности.

Дополню только, что лучше проходить этот трофей на игре+. Во-первых - попутно будете выполнять трофей "Естественный порядок вещей", а во-вторых -Helix-шкала и максимальное количество припасов у вас будет значительно больше, что может вам помочь в сложных моментах. А первое прохождение можно играть для души, ну и заняться сбором осколков и сундуков.

проще делать троф в нг+ ибо в простой нг+ различий в чекпоинтах/врагах по сути нет. можно вкрайняк и в первое прохождение выбить максимум, но в первой половине игры будет сложнее(чем на нг+) из за отсутствия прокачки. под конец плюс минус один фиг