секреты можно дособирать в других прохождениях на любой сложности,
важно не удалять из сейвов файл secrets (я дополнительно не удалял автосейв и дату профиля)

(трофей где читы не повлиял, но я начинал новую игру (до)собирать секреты)

Если по какой-то причине вы случайно удалили сейв под названием "Secrets", как это сделал я и очень хотите получить этот трофей, то вам нужно начинать игру с самого начала, включайте читы (во время игры нажать в меню паузы нажать ), включайте no clip, godmode, no target и пролетайте к каждому Secret area, когда подлетите, нужно отключить No Clip, что бы секретку засчитало.
Некоторые уровни пролетаются легко, как только собрали все секретные зоны, просто летите в самый конец карты, отключайте No Clip и тригерите переход в следующий уровень. В некоторых уровнях придётся тригернуть некоторые события (к примеру уровень Artus Mine, где нужно взорвать генератор, после чего появится тележка, или Artus Topside, где нужно выполнить задания от Jan, что бы можно было запустить катсцену с Desann)
Но если вы уже игру прошли, то проблем не должно быть.
На самом последнем уровне в котором есть Secret Area, а это уровень Yavin Canyon,после сбора первых двух секртных зон, подлетайте к последней зоне, которая на горе находится, отключайте все читы (не в самой зоне), сохраняйте игру, перезаходите, после чего забирайте последнюю секретку, и трофей выпадет.
Для нахождения всех зон, можно воспользоватся гайдами, я использовал этот Star Wars Jedi Knight II Jedi Outcast Secrets.
Старайтесь иногда сохранять игру, так как иногда вы можете умереть даже в God Mode или провалить миссию, если вас увидят охранники в стелс миссии Doomgiver's Denention.
Ну и во время перехода внимательно следите что бы писало что вы собрали все секреты (Secret Area 3 of 3 к примеру).

дополню подсказку по секрету на улицах наршада (где нужно запрыгнуть из летящей тележки в шахту).
У меня получилось с первого раза запрыгнуть, как только я переключился на вид от 1-го лица.

Все намного проще.
Нужно просто опрокинуть на Десанна одну из колон.

Все немного попроще. Слева и справа арены будут переключатели, которые необходимо потянуть на себя, после этого активируется луч в центре, войдя в который Вы получите временную неуязвимость. Только перед тем как включать второй переключатель, отвлеките Десанна на себя, чтобы он не получил эту неуязвимость.

тактика с лучом:

врубили. первый раз не важно кто взял, если десанн - убегайте.

1. луч активируется примерно раз в минуту, а до этого бегайте от десанна по второму этажу, он особо не будет лезть.
параллельно лечитесь умением
(у меня десанн нередко застревал в колоннах или просто стоял - предпоследняя сложность)
2. примерно за 10 сек до луча делайте сейв.
3. долбит луч, прыгайте сверху в него (а может даже и снизу стоять будете), к вам побежит десанн и около него врубайте скорость и бейте его из сильной стойки (красная).
как только скорость закончилась - нужно убегать, хотя, порой, можно влепить 1-2 удара дополнительно.
4. повторяйте с пункта 1. если удачно махать мечом, то достаточно 2-4 повторений.

Если очень сложно победить Desann, то можно включить читы и активировать No Target. Нанести примерно 9 ударов в силовом стиле, после отключить читы и сделать сейв и перезагрузится.
После этого в режиме скорости нанести один удар и Desann падёт.