История Relayer начинается в 2049 году, когда стало известно, что человечество не единственная разумная форма жизни во вселенной. Наконец-то случился первый контакт с инопланетной расой — Relayers. Назовём их… передаванами. Обнаружение этой древней инопланетной цивилизации закрутило колесо судьбы для так называемых Звёздных Детей — людей, одарённых уникальными способностями.

События переносят игрока в 2051 год и знакомит с двумя девушками, чья судьбоносная встреча на Артемиде, земной колонии на поверхности Луны, и стартует основное повествование. Разработчики призывают игроков приготовиться к межгалактическому приключению, где человечество сталкивается с неведомой цивилизацией на просторах галактики Млечного Пути, в нашей Солнечной системе. Разумеется, цивилизация эта вовсе не дружелюбные меценаты, в классические инопланетные захватчики.