Вопреки подсказкам на сайте, пропускаемые трофеи все же есть. Это, как минимум, Sewer Rat / Канализационная крыса. Если в регионе Веры дойти до схватки с боссом не выполнив данное задание, то по сюжету выдающий его персонаж становится недоступен и квест выполнить невозможно. Я таким образом его пропустил.
Возможно, есть и другие пропускаемые. Подозреваю, что если в конце выбрать вариант "Уйти", то не выпадет Together Forever / Вместе навсегда, т.к. описание трофея подразумевает другой выбор. Финальное задание после окончания игры переиграть будет нельзя. Но тут я не уверен, т.к. выбрал другой вариант.
Поправьте, если ошибаюсь.