«Однажды ночью, когда Натан спал крепким сном, два зловещих Йо-кая заглянули в окно его спальни, украв его воспоминания, а заодно и Часы Йо-кай. На следующий день он случайно наткнулся на Таинственный магазин памяти, обнаружив там не только свои Часы Йо-кай, но и дурашливых старых знакомых — Джибаняна и Уиспера, которых фанаты, разумеется, помнят по хитовому анимационному ТВ-сериалу. Выбрав для путешествия во времени Натана или Кэти, игрок должен докопаться до причин, стоящих за последними странными и тревожными событиями, затронувшими их родной городок.

Каждый Йо-кай обладает уникальной личностью, но все они обожают проказничать, изо всех сил стараясь скрыться от человеческого глаза. Обладая хоть какой-нибудь минимальной информацией и пользуясь правильной едой в качестве приманки, игрок может подружиться с озорными Йо-каями (как старыми, так и новыми) в ходе своего эпического приключения.

На своем пути игрок встретит особого Йо-кай по имени Ховернян, который научит путешествовать во времени. Игрок сможет увидеть, каким был Спрингдейл 60 лет назад, и посетить различные локации, в любой момент переключаясь между прошлым и настоящим на пути к разгадке тайны Злобных Йо-кай. По мере путешествия сквозь время и поиска ответов на загадки игроку будет доступно более 80 побочных заданий, в основном заключающихся в помощи местному населению с насущными проблемами. Оказывая услуги жителям города, игрок сможет обнаружить новых Йо-каев и получить ценные награды, способные принести пользу в ходе дальнейших приключений.»