Переиздание Legend of Zelda: Majora’s Mask 3D будет иметь множество нововведений, а не только улучшенную картинку, как это могло показаться на первый взгляд. Если суммировать все измененное, то получается довольно внушительный список новшеств.

Очевидные изменения:

• Переработанное окружение с новыми декорациями;
• Улучшенные модели героев с хорошей анимацией и 60 FPS;
• Поддержка 3D, гироскопа и сенсорного экрана.

Тетрадь Бомбера:

• Она даст Линку Счастливую Маску Продавца;
• Будет отображать текущий квест;
• С ее помощью можно будет получать подсказки о том, что делать дальше;
• Можно будет устанавливать напоминания, чтобы они подсказывали о событиях, которые должны произойти в определенное время.

Сохранения:

• В одной копии игры будет три ячейки сохранения;
• Статуи Сов помогут сохраниться в любой момент; теперь их не нужно бить мечом, достаточно просто нажать кнопку действия;
• По всей Термине можно будет обнаруживать Статуи Пера, они помогут игрокам сохраниться, но к ним нельзя будет перенестись при помощи Песни Перелета.

Камни Шейка:

• Их добавили из Ocarina of Time 3D, и они как и раньше дают видео-подсказки;
• Песнь Двойного Времени;
• Помогает переместиться во времени вперед до нужного часа.

Ящик картинок:

• На сенсорном экране будет его иконка, которая позволит снимать множество картинок.

Рыбалка:

• Добавлены 2 новые рыбацкие точки, одна возле Стрелковой Галереи за пределами Южного Болота, а другая в Большой Бухте;
• Возможность бесплатно рыбачить при наличии Fishing Hole Pass, использовать этот пропуск можно лишь один раз;
• Можно выбрать между обычной удочкой и удочкой с тонущим поплавком;
• Всего будет 10 видов рыб.

Часовая Башня:

• В этой локации больше нельзя будет найти детей и Банды Бомбера;
• Хранилище Часовой Башни было перенесено на главную площадь.

Маски:

• Большинство масок выглядит как и прежде, однако Маска Гаро отныне выглядит, как Мастер Маска Гаро (Видимо речь о ее внешнем виде из Master Quest);
• В Маске Гиганта Линк сможет крутить Твинмолд вокруг себя благодаря хвосту и бить им об землю;
• Дэку Линк отныне сможет стрелять полным зарядом пузырей по прямой.

Боссы:

• Странные глаза, таящиеся за масками боссов, теперь являются их слабым местом, когда они оглушены;
• Выглядят, как глаза на Маске Маджоры.

Circle Pad Pro:

• Игра поддерживает девайс на стандартных 3DS и 3DS XL.